ככלל תשלום מס הכנסה היא חובה המוטלת על כל אזרח ישראלי (או נישום בלשון מס ההכנסה) באופן אישי מול רשות המיסים, אולם במקרים מסוימים הקבועים בחוקי המס בישראל על הצד המשלם (כלומר זה שמעביר תשלום לידי הנישום) מוטלת חובה לנכות מן התשלום את סכום המס ולהעביר את הסכום שנוכה לידי רשות המיסים. אותה חובה המתקיימת במקרים אלו מכונה – ניכוי מס במקור. מקרים בהם הנישום מקבל מרשות המיסים אישור ביחס לשיעור המס שיש לנכות לו מכונה – אישור ניכוי מס במקור. במקרים מסוימים הנישום זכאי לקבל גם פטור מניכוי מס במקור (לדוגמא במקרה של תשלום חד פעמי בסכום נמוך יחסית) ובמידה והוא מעביר לצד המשלם אישור על כך חובת הניכוי בטלה. כלל המקרים והמאפיינים המצדיקים פטור שכזה מופיעים בתקנות פקודת מס הכנסה.
באילו מצבים מתקיימת חובת ניכוי מס במקור?
הפירוט המלא לגבי מצבים אלו מופיע בתקנות פקודת מס הכנסה, אולם כעת נציג כמה מהבולטים בהם:
מעסיקי עובדים
עבור עובדים שכירים מוטלת על המעביד חובה לנכות מתשלום המשכורת החודשית את הסכום הנדרש עבור מס הכנסה (בהתאם לפרטים עליהם הצהיר העובד בטופס 101).
מיסוי רווחי הון
בשנת 2003, לאחר מספר ניסיונות כושלים בתחום, נוסף לרשימת המיסים בישראל גם מס רווחי הון- מס הכנסה המוטל על רווחים שגורפים משקיעים כתוצאה מהשקעת כספם בניירות ערך, אם באופן ישיר או אם באמצעות גופים פיננסיים כגון קרנות נאמנות, קופות גמל וכו’. על הגופים העוסקים בביצוע ההשקעה בפועל: בנקים, ברוקרים, חברות השקעות וכו’. מוטלת חובה לנכות מרווחי המשקיעים את שיעור המס הקבוע בחוק (עומד כיום על 25% עבור מרבית המקרים) ולהעביר את סכום הניכוי ישירות לידי המדינה.
דמי שכירות
תקנות המס בישראל קובעות כי שוכר נכס נדל”ן המבקש לרשום את דמי השכירות כהוצאה מוכרת לצרכי חישוב מס הכנסה, מחויב בניכוי מדמי השכירות אותם הוא משלם למשכיר. ככלל סכום הניכוי מדמי השכירות עומד על 35 אחוזים אולם למשכיר עומדת גם האפשרות לקבל מרשות המיסים אישור להפחתת סכום הניכוי, זאת בהתאם למאפיינים שונים הקבועים בחוק.
תשלום לספקים ונותני שירותים
לקוח במעמד עוסק (עוסק פטור או עוסק מורשה) עצמאי או חברה בע”מ הנדרש להעביר לספק תשלום עבור מוצר או שירות, נדרש לבצע ניכוי מס במקור במידה והוא עומד באחד מכמה תנאים אפשריים המצוינים בתקנות המס: לדוגמא במקרה ומחזור העסק השנתי עולה על סכום מסוים, במידה והוא מחזיק במעמד של מלכ”ר (מוסד ללא כוונת רווח) ומספר העובדים בו עולה על הרף הקבוע בחוק וכן הלאה. ככלל שיעור המס אותו יש לנכות עומד על 30%, אלא אם אותו ספק מציג בפני המשלם פטור מניכוי מס במקור (פטור לו זכאים מרבית הספקים ואותו ניתן לקבל בהליך קצר מול רשות המיסים). או אישור על ניכוי מס בשיער מופחת.